Le Saguenay prend son origine dans le lac Saint-Jean, immédiatement après le barrage Isle-Maligne, Alma. À cet endroit, l'eau est douce. Il est alors divisé en deux : la Petite et la Grande Décharge. L'île formée par ces deux cours d'eau constitue une partie de la municipalité d'Alma. C'est lorsque ces deux cours d'eau se rencontrent que le Saguenay débute véritablement. Deux ponts traversent la Petite Décharge et deux autres traversent la Grande Décharge. à

Un peu plus en aval, à la hauteur de Saint-Fulgence, le fjord du Saguenay débute face à la flèche du littoral. Il s'agit de la démarcation entre l'eau douce et l'eau salée. À la hauteur de Tadoussac, un traversier assure la liaison entre Tadoussac et Baie-Sainte-Catherine.

À la hauteur de Shipshaw, le Saguenay se divise à nouveau en deux. Sur le cours d'eau nord, on retrouve la centrale hydroélectrique de Shipshaw et, du côté sud, la centrale de Chute-à-Caron. C'est à cette hauteur que se trouve le pont d'Aluminium.

Entre Chicoutimi et Jonquière, les deux déversoirs des barrages se rejoignent pour former le Saguenay tel qu'il est le mieux connu.

Il devient accessible à la navigation à cette hauteur. D'ailleurs, Chicoutimi signifie jusqu'où c'est profond en montagnais.

Fjord du Saguenay

Le fjord du Saguenay est parsemé de paysages divers. Après de la ville de Saguenay, la vallée devient rapidement escarpée. Les impressionnantes falaises du Cap Trinité et du Cap Éternité se situent près du village de Sainte-Rose-du-Nord. La profondeur à cet endroit est similaire à la hauteur des montagnes. Il s'étire plus ou moins d'ouest en est ensuite jusqu'à son embouchure à Tadoussac et il n'est parsemé que de quelques villages au fond de baies tels L'Anse-Saint-Jean.

La vallée dans laquelle coule la rivière Saguenay possède les caractéristiques d'un fjord, de Saint-Fulgence à Tadoussac. D'une centaine de kilomètres de longueur et d'une largeur variant de 1 à 3,5 km. le fjord occupe une profonde entaille dans les Laurentides, bordée par des falaises escarpées d'une hauteur moyenne de 150 mètres et, à certains endroits, de plus de 400 mètres, comme aux caps Trinité (411m) et Éternité (457m), ce qui n'empêche pas les castors de vivre dans sa partie amont  . Ses gorges profondes et majestueuses, sont le résultat de la dernière glaciation et l'on retrouve une moraine terminale à son embouchure avec le fleuve Saint-Laurent, créant un haut fond. Il a été envahie ensuite par la mer après la fonte des glaciers.

On retrouve une très forte stratification des eaux dans le fjord parce que les eaux douces de surface, provenant du lac Saint-Jean et des autres affluents, sont moins dense que les eaux froides salés venant de l'estuaire du fleuve. Il s'en suit changement rapide de la salinité, de la température et de la densité des eaux selon la profondeur. De plus, les eaux de surface coulent vers le fleuve et l'eau salée remontent le Saguenay avec la marée qui se fait sentir jusqu'à Chicoutimi. Au confluent du Saguenay et du Saint-Laurent, le taux de salinité des eaux est de 30 ppm et il diminue en amont, avec l'apport d'eau douce, mais reste élevée en profondeur. Les eaux de profondeur du fjord du Saguenay sont très bien oxygénées, contrairement à la plupart des fjords, car elles doivent passer par-dessus la moraine terminale avant d'entrer ce qui permet un fort échange avec l'atmosphère. Elles alimentent l'écosystème en oxygène jusqu’au fond des fosses qui peuvent atteindre 275 mètres.

Le fjord du Saguenay est protégé et mis en valeur par deux parcs le parc national du Saguenay et le parc marin du Saguenay–Saint-Laurent. Plusieurs sportifs, kayakistes, randonneurs et touristes parcourent le territoire grâce à des infrastructures spécialement conçues pour le tourisme de la nature. Des sites de camping sauvage permettent aux kayakistes de le descendre en quelques jours. Des centaines de sentiers, dont celui nommé le sentier de La Statue. Il conduit à plusieurs haltes et belvédères jusqu'au sommet du cap Trinité offrant des vues exceptionnelles sur le fjord au pied de la statue Notre-Dame-du-Saguenay. En aval du fjord, à Sacré-Coeur-sur-le-fjord, à l'Anse de Roche, à la baie Sainte-Marguerite et à Tadoussac, les baleines et les phoques peuvent être observés à gué grâce à des sentiers en bordures des caps ou en croisières qui partent des différents quais, naviguent dans l'estuaire et remontent le fjord jusqu'au cap Trinité.

Ses caractéristiques physiques ont rendu sa colonisation difficile. Bien que la navigation y soit importante, seules quelques baies permettent l'accostage. De plus, le terrain escarpé se prête peu à l'agriculture. Le vent y est canalisé par les hautes falaises et il est souvent plus fort et d'une direction différente qu'au Lac Saint-Jean et que le long du fleuve Saint-Laurent. On y retrouve un parfait exemple de vent antitriptique qui s'aligne le long du fjord et dont doivent se méfier les navigateurs.

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